A differenza di moltissime altre specie carnivore, la fioritura dell'Aldrovanda è particolarmente rara nelle regioni temperate, specialmente se coltivata senza condizioni climatiche ottimali.
I fiori sono di piccole dimensioni, composti da 5 sepali, 5 petali bianchi, 5 pistilli con relative antere e 5 stigmi; al centro troviamo l'ovario.
I piccoli fiori, sostenuti da corti peduncoli, emergono al di sopra della superficie dell'acqua, dove si schiudono e rimangono aperti per pochissime ore, prima di immergersi nuovamente e definitivamente.
Questo breve tempo di apertura, rende l'impollinazione naturale estremamente rara poichè gli insetti impollinatori hanno ovviamnete poco tempo a loro disposizione.